Zakład Systemów Informacyjnych powołany został w Bibliotece Głównej i OINT dnia 1 stycznia 1972 roku przez Rektora Politechniki Wrocławskiej z inicjatywy ówczesnego dyrektora BG i OINT dr-a inż. Czesława Daniłowicza. Podstawowym zadaniem zakładu było projektowanie i wdrażanie systemu automatycznego przetwarzania informacji naukowej (APIN).

W Zakładzie zatrudniono informatyków, ekonomistów i bibliotekarzy zakładając, że będą oni uzupełniać wiedzę niezbędną do realizacji projektu w trakcie jego opracowywania i realizacji. Okazało się bowiem, że żaden z realizowanych wówczas w Polsce programów studiów nie obejmował problematyki organizacji, projektowania i eksploatacji komputerowych systemów biblioteczno-informacyjnych. Aby uzupełnić tę lukę opracowano program kształcenia specjalistów z tego zakresu na Politechnice Wrocławskiej. Program studiów został zatwierdzony przez Radę Wydziału Informatyki i Zarządzania w 1972 roku, a nowa, unikalna w kraju specjalność: Systemy Informacji Naukowo-Technicznej (SINT), obecnie Systemy Informacyjne, pojawiła się na tym wydziale w roku akademickim 1972/73. Jej prowadzenie powierzono Zakładowi Systemów Informacyjnych.

We wrześniu 1981 roku zespół projektowy APIN został wydzielony z Zakładu i przekształcony w odrębny oddział w Bibliotece Głównej i OINT, natomiast w Zakładzie pozostali pracownicy naukowo-dydaktyczni, a jego głównym zadaniem stała się działalność naukowa i dydaktyczna na Wydziale Informatyki i Zarządzania. Wtedy też Zakład otrzymał odrębne pomieszczenia w budynku A1.

Z dniem 1 lipca 1995 roku Zakład Systemów Informacyjnych w Bibliotece Głównej i OINT został przekształcony w Zakład Systemów Informacyjnych na Wydziale Informatyki i Zarządzania Politechniki Wrocławskiej. W latach 2004-2008 Zakład Systemów Informacyjnych funkcjonował w Instytucie Informatyki Stosowanej, a od 1 września 2008 roku wchodzi w skład Instytutu Informatyki.

W trakcie istnienia Zakładu liczba pracowników wzrosła z 5 do 20 osób. Od czasu utworzenia zakładu do 2006 roku kierownikiem zakładu był prof. dr hab. Czesław Daniłowicz. Obecnie funkcję kierownika sprawuje prof. dr hab. Aleksander Zgrzywa.